《肉蒲团》的版本流传史，本身就是一部生动的书籍社会史。由于长期处于禁毁状态，这部作品以各种非常规方式流传，形成了极为复杂的版本谱系。
抄本系统
在印刷本难以公开流传的情况下，手抄是《肉蒲团》最主要的传播方式。现存最早的抄本可追溯至清康熙年间，抄写质量参差不齐，但保留了早期的文本面貌。北京图书馆（今中国国家图书馆）藏有数种清抄本，其中乾隆年间抄本保存较为完整，字迹工整，且有朱笔批点，学术价值极高。
抄本系统中，尤以"脂砚斋评本"系列最为著名。这类抄本不仅包含正文，还附有评点者的大量批语，为研究小说的接受史提供了珍贵资料。值得注意的是，不同抄本之间存在较为明显的文字差异，反映了传播过程中的文本变异。
刻本系统
《肉蒲团》的刻本主要出现在清中后期，多在私刻坊秘密刊行。最著名的刻本当属清嘉庆年间的"玩花轩"刻本，该本版式精美，配有插图，但流传至今的完整本极为稀少。光绪年间的"申报馆"曾以活字排印此书，但很快被查禁，存世量极少。
日本方面，江户时代即有《肉蒲团》的和刻本流传。这些版本在保留原著精髓的同时，往往对部分内容做了删节处理，以适应日本的文化环境。和刻本是研究《肉蒲团》海外传播史的重要文献。
现代整理本
二十世纪以来，随着学术研究的正常化，《肉蒲团》的整理出版逐渐增多。1950年代，台湾出版界开始推出校点本；1980年代，大陆也陆续有整理本面世。1990年代以来，多家出版社推出了经过严格校勘的学术版本，为研究提供了可靠的文本基础。
各版本之间的差异不仅涉及文字校勘，还关乎情节的完整性。部分版本因删节而失去了重要的叙事线索，这提醒研究者在引用时必须审慎选择底本。
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